A pesquisa de Robotnik estava sendo financiada pela Federação Unida (a Sônico equivalente aos Estados Unidos). Foi inicialmente concebido como um meio de criar uma arma viva, embora a motivação pessoal de Robotnik fosse salvar Maria. Durante sua pesquisa, Robotnik criou dois seres imortais: Shadow e um protótipo reptiliano gigante chamado Biolizard. Ao contrário de Shadow, o Biolizard era violento e incontrolável, e uma vez que a Federação Unida descobriu, foi tomada a decisão de encerrar o projeto e eliminar qualquer um que soubesse dele. Um esquadrão de soldados GUN (Guardian Unit of Nations) foi enviado para a estação, prendendo Robotnik, matando pesquisadores e evacuando civis. No entanto, um civil foi pego no fogo cruzado: Maria.
Versões diferentes da história de Shadow nos jogos e no universo estendido retratam a morte de Maria de forma diferente. O jogo de 2005 Sombra do ouriço mostra um soldado armado atirando nela a sangue frio, enquanto o Sonic X anime mostra ele matando-a quando ela se recusa a cumprir suas ordens. O que ela estava fazendo que eles acharam tão questionável? Ela estava enviando Shadow para a Terra para salvá-lo do massacre.
Com seu último suspiro, ela pede a Shadow para trazer esperança à humanidade enquanto ele é enviado para a Terra em uma cápsula de fuga. Você pensaria que esse desejo teria levado Shadow a salvar o mundo em vez de tentar destruí-lo. Então o que aconteceu?
Como é revelado ao longo Sonic Aventura 2Robotnik enlouqueceu após a perda de Maria e sua pesquisa. Mesmo preso por GUN e continuando seu trabalho sob supervisão mais pesada, o médico começou a planejar sua vingança. Se ele não pudesse salvar Maria, ele destruiria os humanos que tiraram tudo dele. Isso incluía fazer lavagem cerebral em Shadow para esquecer o último desejo de Maria, em vez de fazê-lo se lembrar mal dele como se ela estivesse pedindo vingança.
Shadow foi eventualmente capturado por GUN e colocado em estase, onde permaneceria por 50 anos. Finalmente acordado por Eggman todos aqueles anos depois, ele manipulou o doutor para trazer todas as sete Esmeraldas do Caos para os restos da Space Colony Ark, alegando que queria usar a energia das pedras para alimentar o poderoso Canhão Eclipse da estação e ameaçar o povo da Terra à submissão. Mas, na verdade, seu plano era usar as esmeraldas para colocar a estação em rota de colisão com o planeta, destruindo-o e toda a humanidade.
Shadow quase conseguiu, também, antes de ser lembrado do verdadeiro desejo de morte de Maria pela não-namorada de Sonic, Amy Rose. Ele então se juntou ao resto dos nossos heróis para impedir a descida da Arca usando as Esmeraldas do Caos para derrotar o Biolizard que foi libertado de sua prisão nas profundezas da estação. Então, tendo usado todo o seu poder para estabilizar a Arca, ele caiu na Terra. O resto dos nossos heróis o lamentaram, mas celebraram que ele foi capaz de realizar o desejo de Maria.
